Gemeinsam mit den BDKJ-Dekanatsverbänden bilden die Mitgliedsverbände den BDKJ-Diözesanverband Freiburg mit rund 32.000 Mitgliedern. Als Dachverband macht der BDKJ sich in Politik, Kirche und Gesellschaft für die Interessen von Kindern und Jugendlichen stark. An seinen Veranstaltungen und Projekten nehmen jährlich rund 100.000 Kinder und Jugendliche teil.
Seine Leitung wird von den Verbandsmitgliedern demokratisch gewählt. Momentan besteht das Leitungsteam aus drei Personen, die von gewählten, ehrenamtlichen Mitgliedern in Arbeitskreisen und Ausschüssen unterstützt werden. Die Organisationsform orientiert sich an kirchlichen (Diözese und Dekanate) und staatlichen Strukturen. Gemeinsam mit dem BDKJ-Diözesanverband Rottenburg-Stuttgart ist der BDKJ Freiburg Mitglied im Landesjugendring Baden-Württemberg e.V. (LJR).